Malownicza bryła kościoła składa się z potężnej wieży z otaczającymi ją niskimi kaplicami, przykrytego dwuspadowym dachem trójnawowego korpusu, do którego przylga pięć kaplic oraz szerokiego prezbiterium, w którym każda z trzech naw ma osobny dach. Dach nawy północnej obejmuje także zakrystię i narożną kaplicę św. Jerzego.
Całość ma 61,5 m długości i od 25 do 40 m szerokości. Wieża mierzy 44 m do nasady hełmu, a 76 m do wierzchołka. Szczególny zachwyt budził zawsze kształt szczytów wieńczących wschodnią ścianę prezbiterium zdumiewający potęgą geniuszu znanego mistrza, który z tak marnego materiału, jakim jest cegła, zdołał ten cud stworzyć (S. Przybyszewski). Wzmiankowanym mistrzem był najprawdopodobniej Michał Enkinger, architekt miejski, czynny wówczas również w Wilie i Kownie.
Szczyty świątyni powstały w końcu XV wieku, szczyt środkowy, z charakterystycznymi „oślimi grzbietami”, swoją dzisiejszą postać mógł uzyskać w po runięciu wieżyczek w 1515 roku. Pod nim wystają z płaskiej ściany przypory dawnego trójbocznego zamknięcia prezbiterium. Stare przypory zachowała również północna ściana korpusu.
Warto jeszcze zwrócić uwagę na pozostałości przylegającej do wschodniej ściany prezbiterium krypty i kaplicy grobowej kramarzy z 1657 roku. Na murze od strony ulicy widać zniszczony kartusz (ozdobne obramowanie herbu lub napisu) oraz nasadę łuku dawnej bramy, którą zdobił relief św. Katarzyny i napis Zważ na swój cel i koniec, do Boga podnieś dłonie.