Logo kościoła św. Katarzyny przygotowano na podstawie historycznych znaków właśnościowych kościołów gdańskich z ok. XVII w.
Główny element stanowi półtorakrzyż - figura heraldyczna przedstawiająca krzyż dwuramienny z odłamaną dolną lewą połówką ramienia. Symbolika ta jest związana z przejściem z pogaństwa na chrześcijaństwo i walką w obronie wiary.
Używane niegdyś znaki informacyjne dawnego Gdańska to godła kościołów. Kościół, a ściślej – parafia – jako podmiot zbiorowy, odczuwała potrzebę posiadania znaku, dzięki któremu mogłyby być rozpoznawane obiekty i przedmioty będącej własnością wspólnoty. Znaki własnościowe – godła kościołów – pojawiają się w gdańskim krajobrazie w XVI w.
Po lewej stronie historyczny (ponad 400-letni, a prawdopodobnie jeszcze starszy) znak własnościowy kościoła św. Katarzyny w Gdańsku, czyli coś, co dziś nazywamy logo.
Po prawej zaś herb. Widoczne w nim litery S. K. można interpretować jako Sancta Katharina, albo nawet Święta Katarzyna. Godło umieszczono w tarczy, czyli według zasad heraldycznych. Można je także znaleźć na niektórych płytach grobowych w kościele.
Zdjęcie prezentuje zachowane godło, wykute w kamiennym portalu należącym do kościoła budynku przy ul. Podmłyńskiej 10 z roku 1609 r.
